該病通常的治療方法是激素軟膏(如膚輕松軟膏、尿素軟膏等)外搽，可暫時控制癥狀，但容易反復。
中醫針對肛門濕疹早期(急性)濕熱壅盛和后期(慢性)肛周皮膚血虛、血熱，肌膚失于濡養的特點，分別運用清熱燥濕、止癢和養血祛風、止癢的治療原則，采用中藥浸泡肛門濕疹區域，常能獲得較好的療效。
急性期
苦參30克，明礬10克，百部15克，白蘚皮15克，蛇床子10克，黃柏15克，魚腥草20克，生甘草20克。慢性期：苦參30克，百部15克，白蘚皮15克，蛇床子10克，當歸20克，生地20克，丹皮10克，白芨15克，生甘草20克。
用法
煎水浸泡肛門，每日一劑，每日兩次，每次10-15分鐘。急性濕疹10-15天為一療程，慢性濕疹30天為一療程。必要時進行第二個療程。
值得注意的是，少數患者因瘙癢難忍，而用過熱的開水和用力搔抓，力圖以此來緩解瘙癢癥狀，上述方法均會加速肛周皮膚的老化，彈性降低，呈松樹皮狀，治愈難度加大。肛門濕疹患者也不能使用高錳酸鉀(PP粉)水坐浴，其強烈的氧化作用使皮膚老化，急性濕疹因此很快進入慢性期。
臨床上有許多患者由足癬(腳氣)傳播引起，肛門濕疹患者應積極治療足癬，浴盆分開，避免交叉感染。此外，尚有蟯蟲病可出現肛門瘙癢，多為兒童患病，夜間發作，注意鑒別。
預防本病，應做到便后及時清洗肛門，并及時擦干;積極治療肛周感染性疾病，避免因分泌物反復刺激，導致本病。