非淋菌性尿道炎在臨床上出現尿道炎的表現，但較淋病為輕，尿道分泌物呈粘液性或粘液膿性，量較少，常需用手擠壓尿道才能溢出。在檢查非淋菌性尿道炎時，可采取以下幾種檢查方法。
1、LCR和PCR檢查
是新近開發的沙眼衣原體核酸擴增檢查法，兩者都可用于子宮頸以及男子尿道和尿標本的檢查。檢查敏感性保持在99%以上。還有一種轉錄擴增法(TMA)，擴增的是衣原體核糖體RNA，性能特征似與LCR和PCR相當。LCR和PCR檢查的是沙眼衣原體質粒的核苷酸序列，它在每個原生小體中都有多個拷貝。
2、血清學檢查
尚未廣泛用于生殖系衣原體感染的診斷。這是由于在高危人群中沙眼衣原體抗體基礎檢出率即甚高，常達受檢者的45%～60%。培養陰性且無癥狀者血清陽性，也許反映既往感染。此外肺炎衣原體所致交叉抗體，亦可干擾血清學診斷。
3、支原體檢測
支原體可以在人工培養基中生長，由于脲原體具有能將尿素分解為氨的脲酶，當脲原體生長時可使培養基(含0.1%尿素，pH為6.0)的顏色從黃色變為粉紅色。人型支原體可將精氨酸代謝為氨，使含有精氨酸的培養基的pH值提高(原pH為7.0)，因而顏色也從黃色變為粉紅色。脲原體經常在24～48h或更短時間內引起變化，而人型支原體則較慢，但一般在1周內。