少數肛周膿腫用抗生素，熱水坐浴及局部理療等可以消散，但多數需要手術治療，手術有兩種方式。
1、單純性肛周膿腫的治療
可在截石位或側臥下，用局麻或腰麻，在膿腫部位做放射狀切口，放出膿液后，伸入食指探查膿腔大小，分開其間隔。必要時將切口邊緣皮膚切開少許，以利引流，最后用凡士林紗條放入膿腔做引流。
2、與肛瘺相通的肛周膿腫的治療
可在切開膿腫后，用探針仔細檢查內口，然后切開瘺管，適當切除皮膚和皮下組織，內口周圍組織也稍加切除，使引流通暢。如內口較深，瘺管通過肛管括約肌，可采用掛線療法。以上手術優點是膿腫一期治愈，不再形成肛瘺。但在急性炎癥中，找內口有困難時，不應盲目尋找，以免炎癥蔓延或形成假道，僅做切開排膿，待形成肛瘺后，再做肛瘺手術。二期手術優點是效果準確，治愈率高。
深部膿腫一旦形成后，內部壓力逐漸增大，這時應早期手術，不僅可使膿腔早愈，防止蔓延，而且也不易形成肛瘺，即使形成肛瘺，也比較容易治療。因此，深部肛周膿腫須盡早手術。
溫馨提示：很多人對肛周膿腫領會的不夠深入，往往把肛周膿腫當成“火癤子”來看待，以至于有的患者直到肛周膿腫發展成肛瘺，這一點患者們一定要注意。