偏頭痛與癲癇發作時的癥狀相似，人們很容易將偏頭痛和癲癇病混淆。偏頭痛可反復發作，往往伴有視覺癥狀，有時也有神經系統的異常體征。偏頭痛在兒童中特別是4歲到青春期間常見。
自主神經系統的癥狀如面色蒼白、發紅、瞳孔散大、光敏感等也常見到。不少癲癇患者發作后出現頭痛，如枕葉癲癇患者發作后約1/4出現明顯的偏頭痛，故要注意鑒別。偏頭痛與癲癇的鑒別重點在于。
(1)癲癇患者的頭痛程度較輕且多在發作前后出現，常伴有其他癲癇發作的明顯癥狀;偏頭痛則以偏側劇烈頭痛為主要癥狀。
(2)癲癇腦電圖異常多為陣發性，常有棘波或棘-慢綜合波;偏頭痛僅少數患者可出現局灶性慢波，即使伴有尖波也常局限于頭痛同側的顳區。
(3)枕葉癲癇者可有視幻覺，偏頭痛也常有此癥狀，但二者視幻覺的性質有區別，癲癇的視幻覺復雜，形象模糊無一定的輪廓和圖形;偏頭痛者則以閃光、暗點、視物模糊為主要特征。