多囊卵巢綜合癥和甲狀腺功能異常都是腺體分泌的激素異常而出現的功能紊亂，表現出相似的表現，但二者其實是不同的。
多囊卵巢綜合癥多數學者認為是下丘腦-垂體-卵巢軸的調節功能紊亂，垂體分泌的FSH減少，LH增多，阻礙卵泡發育和排卵，卵泡停留在小卵泡階段，無優勢卵泡發育，故無卵泡成熟與排卵，出現卵巢功能減退和高雄激素血癥。主要表現為：月經失調，不孕，多毛，肥胖，黑棘皮癥，雙側卵巢增大。
甲狀腺功能異常可引起雌激素代謝障礙、FSH及LH分泌異常，常表現為明顯的卵巢功能不全而很少妊娠。目前，多認為甲狀腺素有刺激卵泡成熟的作用，可間接影響腎上腺和性腺。因此，甲狀腺功能異常常常導致月經異常、閉經、排卵障礙和不孕不育。主要表現為：
1、甲狀腺功能亢進癥，簡稱甲亢
病人學期T3、T4、性激素結合球蛋白(SHBG)增高，雄激素代謝清除率降低，使血漿睪酮升高致男性化和月經失調，一般是經量變少，嚴重者閉經。
2、甲狀腺功能減退癥，簡稱甲減
T3、T4減少，促甲狀腺素和粗甲狀腺素釋放激素水平升高，出現月經過多和無排卵。嚴重者子宮內膜萎縮直至閉經。