本病初期，僅限于肛門周圍皮膚瘙癢，時輕時重，有時刺痛或灼痛，有時如蟲行蟻走，有時如蚊咬火烤，有時劇癢難忍，入夜更甚，令人坐臥不安。由于搔癢使皮膚潰爛 、滲出、結痂、長期不愈，致肛周皮膚增厚，皺壁肥厚粗糙呈放射狀褶紋，苔蘚樣變，色素沉著或色素脫失，蔓延至會陰、陰囊、陰唇或骶尾部。患病日久，易繼發皸裂 。久之可引起神經衰弱，精神萎縮，食不知味，夜不成眠。
1、排便不盡感：肛管中有豐富的神經纖維，既有無髓鞘神經纖維。又有有髓鞘神經纖維，還有較多的神經節，形成一附屬的感覺器官。所以，在肛竇炎與肛乳頭炎初期，病人往往有排便不盡感，伴有異物嵌入肛內的感覺和下墜感等。
2、疼痛：疼痛是肛竇炎最常見的癥狀之一。一般為撕裂痛或燒灼樣痛。撕裂痛多伴有肛門損傷或肛管表層下炎癥擴散，排便時癥狀加重。當外括約肌受到刺激時、肛門疼痛可加劇。由于疼痛和排便關系密切，病人懼怕排便，進一步導致便秘，加重病人的痛苦。
3、瘙癢：肛竇炎引起的肛門部瘙癢，雖不像肛門瘙癢癥那樣典型，但卻難于用手抓止癢。瘙癢是由于炎癥性滲出物對肛門的刺激引起的，患者肛門常較正常人潮濕。
4、反射性疼痛：肛竇炎常出現反射樣疼痛，可通過陰部內神經和第三、四骶神經向尿生殖器部反射，通過髂腹下神經和肛尾神經向骶骨和尾骨反射，或通過坐骨神經向下肢反射。它還可以引起消化道癥狀，如消化不良、矢氣多或便秘等。肛竇炎可以影響整個機體的健康，被稱為直腸神經衰弱，這可能是刺激內臟和脊神經的結果。