在不典型情況下CML應與類白血病反應鑒別 類白血病反應可繼發于休克、嚴重感染、結核病、晚期腫瘤或妊娠中、后期，白細胞數多低于50×109/L，中性粒細胞堿性磷酸酶染色積分往往升高，不伴有Ph染色體及bcr/abl融合基因異常，原發疾病控制后，白細胞可恢復正常。尚需與原發性骨髓纖維化(MF)鑒別，MF常有明顯的脾大、白細胞和血小板可以增高，血片中出現幼粒、幼紅細胞，易和CML相混淆。但是MF患者Ph染色體陰性，骨髓活檢網狀纖維及膠原纖維增生。

　　Ph陽性ALL需與無慢性期的CML急淋變相鑒別

　　兩者臨床表現相似，后者脾大較明顯，Ph陽性ALL在完全緩解期染色體核型可恢復正常，復發時再現。CML急淋變者Ph染色體難以消減，還伴有附加染色體異常。從分子水平檢測可發現約半數Ph陽性ALL的融合基因及其表達產物與CML相同。斷裂點在M-bcr，其bcr/abl產物為p210。另半數Ph陽性ALL的斷裂點在M-bcr上游約40kb的M-bcr區，蛋白產物為p190。當做基因檢測時需用有別于Ph陽性CML的引物及探針，以此可區別于CML。

　　CML還需和原屬CML的幾種相關疾病鑒別

　　因為它們均有外周血白細胞數升高、出現幼稚粒細胞;骨髓增生明顯或極度活躍，以粒細胞系為主;常伴脾大等征象。CML和這些相關疾病鑒別關鍵點是Ph染色體和bcr/abl融合基因的檢測，CML為陽性，而相關疾病為陰性。

　　下面再簡單列出其他的鑒別要點

　　①慢性中性粒細胞白血病-CNL

　　骨髓中增生的細胞主要為成熟的中性分葉核細胞、外周血中性粒細胞堿性磷酸酶(ALP)染色積分常升高。目前WHO分類中已將CNL歸入骨髓增生性疾病范疇。

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　　實質上是一種本質上和典型CML完全不同的疾病，命名也不合適。aCML在病程早期即有貧血、血小板減少，而白細胞增高幅度低，或不增高;外周血嗜堿粒細胞極少或缺如;骨髓常有一系或多系病態造血;脾大不顯著;晚期常表現為骨髓衰竭，急性變者<50%。

　　③慢性粒單核細胞白血病-CMML

　　原FAB分型中屬骨髓增生異常綜合征(MDS)的CMML有明顯的病態造血及原始細胞增多(RAEB)，同時伴外周血單核細胞>1×109/L，不易和CML混淆。另一類稱為增生型CMML則應仔細鑒別，除上述的Ph染色體及bcr/abl融合基因陰性外，外周血單核細胞>1×109/L為主要鑒別點。

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　　是一種十分少見的兒童慢性髓細胞白血病，臨床上常有發熱、貧血，尤其伴皮損，如面部斑丘疹、黃色瘤及牛奶咖啡斑。其外周血單核細胞>1×109/L是和CML的鑒別要點。上述aCML、CMMIL及JMML在WHO分類中歸入骨髓增生異常綜合征/骨髓增生性疾病(MDS/MPD)范疇。