小兒大動脈轉位常并發如下疾病：肺動脈高壓、心力衰竭、栓塞等。
肺動脈高壓
肺動脈高壓是指靜息時肺動脈平均壓>;3.33kPa(25mmHg)或運動時>;4kPa(30mmHg)者。肺動脈高壓的預后取決于潛在疾病的成功治療。一般來說，原發性肺動脈高壓的預后較差，從確診時起，生存時間不到3年。然而，也有用鈣通道阻滯藥和前列環素治療獲長期存活的報道。而目前用內皮素拮抗藥經驗太少，無法對生存改善情況下結論。不積極治療病人最終可能死于惡化的右心衰，除非行移植術。繼發性肺動脈高壓多與先心病有關，原發性肺動脈高壓目前病因尚不明確。先心病的發生是多種因素的綜合結果，為預防先心病的發生，應開展科普知識的宣傳和教育，對適齡人群進行重點監測，充分發揮醫務人員和孕婦及其家屬的作用。
心力衰竭
心力衰竭不是一個獨立的疾病，是指各種病因致心臟病的嚴重階段。發病率高，五年存活率與惡性腫瘤相似。心力衰竭是由于初始的心肌損害和應力作用：包括收縮期或舒張期心室負荷過重和(或)心肌細胞數量和質量的變化(節段性如心肌梗死，彌漫性如心肌炎)，引起心室和(或卜心房肥大和擴大(心室重塑，remodel-ing人繼以心室舒縮功能低下，逐漸發展而成。