新生兒敗血癥在起病初期，癥狀不明顯。寶寶面色沒有原先那么好看，經常哭鬧或多睡，吃奶少并且嘔吐，肢體的肢力不像原來那么有力，體溫不正常，黃疸加深，呼吸窘迫，腹脹等。如果新生兒出現拒奶，或吃奶減少，反應差、哭聲低、面色發灰、蒼白、皮膚黃疸加深、體重不增，以及體溫波動等，應懷疑發生新生兒敗血癥。要及時送往醫院診治。

　　1、顱內出血，窒息

　　敗血癥有呼吸暫停，震顫，抽搐，前囟凸出，表示有神經系統侵犯時，尤其是初生1周內患兒，應與顱內出血，窒息等鑒別，后者發病早，多在生后1，2天內起病，有產傷史，有神經系統先天畸形并發腦膜炎時，也應與敗血癥鑒別。

　　2、呼吸道疾病

　　敗血癥早期癥狀可有呼吸困難，急促，發紺等，應與氣胸，肺炎，未成熟兒原發性呼吸窘迫綜合征，肺膨脹不全等鑒別，必要時可攝胸部X線片以協助診斷。

　　3、消化道疾病

　　腹脹，嘔吐，大便次數多或減少，是腸道原發病的表現，也可在敗血癥時出現，應分析各癥狀的發展和因果關系，對腸菌類引起的敗血癥應提高警惕。

　　4、血液病

　　新生兒溶血病，紅細胞酶的缺乏也可表現黃疸，貧血，呼吸急促和呼吸困難等，但嚴重的溶血性貧血并無感染征，可與敗血癥引起的高膽紅素血癥鑒別，新生兒出血癥須與敗血癥并發出血者鑒別，前者無感染灶，輸血和維生素K治療可獲痊愈，特發性血小板減少性紫癜和先天性白血病應與敗血癥鑒別，可由血常規檢查協助診斷。

　　5、新生兒肝炎

　　以黃疸為首發癥狀，皮膚黃染明顯而全身感染，中毒癥狀輕，故常常誤診，新生兒敗血癥出現黃疸的機制除細菌毒素引起的溶血外，與肝細胞的損傷，肝臟排泄膽汁障礙及新生兒肝臟酶系統發育不完善，膽紅素在肝臟結合過程受到抑制有關，所以部分患兒血中轉氨酶及直接膽紅素升高，臨床常誤診為肝炎綜合征而延誤治療。

　　患兒無肝炎接觸史，與其母HBsAg全部陰性，實驗室檢測，多數患兒白細胞數增高，選用抗生素治療癥狀迅速好轉，同時有局部感染灶更是診斷敗血癥的重要線索，而沒有明顯感染灶的新生兒敗血癥惟一依據是血培養，因此當患兒出現原因不明的黃疸時，應想到敗血癥的可能并早期采血做細菌培養，如果一次血培養陰性而又高度懷疑敗血癥時，應反復做血或感染灶的滲出物的細菌培養以提高陽性率。

　　6、其他感染

　　單純皰疹，巨細胞包涵體病，柯薩奇病毒感染等均可在新生兒期發生，其癥狀與敗血癥相似，單純瘡疹病毒感染，半數可無皰疹，只有全身癥狀，柯薩奇病毒可引起發熱，厭食，嘔吐，蒼白，發紺，呼吸困難，肝大，黃疸，出血等，主要表現為心肌炎和腦膜炎，多在初生2周內發病，另外，弓形蟲病，球狀孢子菌病，播散性組織胞漿菌病等少見病，有時也應與敗血癥鑒別。