肛瘺一般有急性肛門直腸周圍膿腫的病史。膿腫自破或經手術切開排膿，從肛門皮膚外口或肛門內流膿，這些都是診斷肛瘺的主要標志。
1、望診
可見外口常在肛門周圍皮膚上或臀部形成一突起或凹陷。周圍皮膚因膿液刺激，常有脫皮發紅，有時有肉芽組織由外口內突出。周圍皮膚紅紫色，多為結核性瘺管。
2、觸診
低位肛瘺之瘺管，在皮下可以摸到繩狀硬條，由外口行向肛門，用指按壓，有膿液由外口流出。
3、直腸指檢
常在肛管后側、齒線附近可摸到中心凹陷的小硬結，有輕微壓痛，即是原發內口。
4、確定瘺管的深度與括約肌的關系
由于肛瘺的管道通過外括約肌和肛提肌，有時管道在內括約肌之間走行，手術中切開管道，必然要切開有關的括約肌。特別是通過肛門直腸環的瘺管，切開肛門直腸環，術后會引起肛門失禁。因此在檢查中必須弄清瘺管走行與肛門括約肌的關系。
5、確定瘺道主體與支體的變化
在肛瘺檢查中，不能單純從內口的數目，或瘺管是直的還是彎曲的，或者從病變的一個平面上了解病變的全貌;有時從肛門外部看，僅一個外口，癥狀也不明顯，但可能是瘺管很深，內口尋求比較困難的復雜性肛瘺;有時瘺外口較多，肛門皮膚病變較大，但其主管很低，屬于容易處理的簡單肛瘺。因此對肛痿的診斷要具體細致。
6、全身檢查
肛瘺雖然表現為局部病變，但也與全身情況或某些疾病相聯系，絕不能忽視全身檢查。