肛瘺分為從瘺管的復雜程度分為單純性肛瘺與復雜性肛瘺，從病變部位來分又可分為高位肛瘺與低位肛瘺。肛瘺是一種必須接受專業治療的疾病，不像一般的小膿腫通過自我處理就可能得到痊愈。
肛瘺一般沒有疼痛感，這是因為肛瘺常發于直腸周圍的間隙，間隙中充滿脂肪結締組織，神經分布很少，感覺遲鈍，所以患者無明顯疼痛，易延誤治療而形成膿腫和瘺管。但這并不是說肛瘺就不會引起疼痛，當管道外口閉合，或引流不暢導致膿液積聚時，可出現局部的脹痛或跳痛。另外，如果肛瘺的內口較大，排便時糞便可進入管道，會引起較為劇烈的疼痛。
人們認為肛瘺可以自己好的原因大多因為肛瘺沒有疼痛。所以很多肛瘺患者往往不重視，不及時治療，從而導致肛周反復感染，感染范圍沿括約肌間隙蔓延，形成復雜性肛瘺。
復雜性肛瘺治療起來會更麻煩。而且如果再進一步感染其他組織，就會引發其他疾病，甚至引發癌變。所以，患者切莫抱著肛瘺可以自己好的錯誤心理，而應該及時到專門的肛腸醫院治療。