肛周濕疹的病因復雜多變，有很多因素可能導致肛門濕疹。肛周濕疹的病因分為原發性和繼發性兩種，前者病因不明，后者多為其它肛腸疾病或分泌物刺激導致。
1、外因方面。受外界的陽光光線、炎熱、寒冷、多汗、瘙癢、環境變化、動物皮毛、日常生活用品等因素的刺激，從而導致肛周濕疹。
2、內因方面。身體的某些消化系統疾病、腸道疾病、精神緊張、過度勞累、失眠、內分泌失調等因素都可以引起或者加重肛周濕疹的病情。
3、其它肛門疾病也可能導致肛周濕疹。如：肛瘺、痔瘡、肛裂等疾病。
4、遺傳因素。由于肛門濕疹的發病個體差異較大，因此，認為濕疹與遺傳因素和素質有一定關系。