肛周囊腫肛管、直腸周圍軟組織內或其周圍間隙內發生急性化膿性感染，并形成膿腫。肛周囊腫突然局部出現劇烈疼痛難忍、紅腫發熱、墜脹不適、坐臥不寧、里急后重、大便秘結、排尿不暢，有直腸刺激癥狀。
骨盆直腸窩膿腫局部癥狀不明顯而全身癥狀較重。感覺直腸、肛門沉重下墜，頻有便意，大便時加重，排尿困難。全身表現為發熱、周身疲倦，嚴重者有毒血癥的癥狀，如頭痛、高熱、嘔吐、大汗出。局部可見直腸粘膜隆起，在提肛肌上可觸及腫塊、壓痛、波動。作膿腔穿刺可抽出膿汁。
坐骨直腸窩膿腫局部與全身癥狀都比較明顯。肛緣外一側或兩側紅腫，壓痛或有波動。全身表現為感染癥狀。
直腸粘膜下膿腫局部癥狀輕，全身癥狀重。直腸鏡下可見直腸粘膜明顯的限局性腫脹、發紅。直腸指診可摸到直腸壁上有限局性柔軟腫塊，壓痛、波動，穿刺可抽出膿汁。
肛管粘膜下膿腫發生在齒線附近，局部疼痛、腫脹、壓痛、肛門松弛，粘膜下膿腫常與皮下膿腫相通。
馬蹄形膿腫又分為半馬蹄形膿腫和全馬蹄形膿腫，多為坐骨直腸窩膿腫遷延治療發展而成，表現特點與坐骨直腸窩膿腫相似。
那肛周囊腫怎樣根治呢?
肛門膿腫一旦形成，應立即早期切開，減低局部張力，以阻斷其擴散和向四周的蔓延;在膿腫清創時，應切除病變的肛隱窩，盡可能尋找內口所在;不論何種肛周膿腫，均應予以一次性根治，不留肛瘺等癥;對于不同類型肛周膿腫，宜選擇不同切口，以保證根治術的徹底成功。
另外，探查相應的肛竇，若探針容易進入膿腫，為原發性膿腫，可延探針切斷肛門內括約肌，以利于肌間膿腫向直腸內的引流。最后將切口向下延長，將皮下外括約肌一并切斷，使引流通暢。