肛門瘙癢癥一部分是因為寄生蟲感染、衛生、飲食習慣不良所引起外，另一部分有肛門瘙癢癥的病患可能是罹患痔瘡、便秘、肛裂、病毒性感染、性傳染病等等。主要歸納為以下方面：
(1) 肛門、直腸、肛管、結腸和小腸疾病使肛門部過度潮濕，分泌物增加，刺激肛門，是導致肛門瘙癢的常見因素。譬如，肛瘺、肛裂、內痔脫出、直腸脫垂、肛門失禁、濕疣等各種疾病，都可使肛門分泌物增加，肛門潮濕。
(2) 皮膚病：如霉菌性感染、神經炎皮炎、毛囊炎和皮脂分泌過度導致的脂溢性皮炎、濕疹等，可引起肛門瘙癢。
(3) 寄生蟲病：如蟯蟲病、陰虱病等。
(4) 衛生差：局部衛生差，不常清洗，使糞便刺激皮膚。
(5) 陰道分泌物過多：陰道分泌物過多，流向肛門部，刺激皮膚，引起肛門瘙癢。
(6) 氣候寒冷干燥：內衣過緊，摩擦皮膚。
(7) 肛門局部使用類固醇治療，或口服抗生素過久：導致菌群失調，也可引起肛門瘙癢。
(8) 細菌感染：如大腸桿菌、葡萄球菌等感染，也可致肛門瘙癢癥。
(9) 人糞便中的化學物質、細菌、外毒素，以及糞臭素、吲哚等均可刺激肛門皮膚。
(10) 變態反應以及對各種物質的過敏。
(11) 婦女絕經期及男性更年期缺乏性激素。
(12) 精神因素，如緊張、憂郁、恐懼、精神性神經痛和精神病人抓傷肛門皮膚。
(13) 全身疾病，如黃疸、糖尿病、血液病、痛風和風濕。
(14) 肛腺上皮殘余引起細胞抗原性自體免疫反應。