大部分肛瘺由肛門直腸膿腫破潰或切開排膿后形成。膿腫逐漸縮小，但腸內容物仍不斷進入膿腔，在愈合縮小的過程中，常形成迂曲的腔道，引流不暢不易愈合，日久后腔道周圍有許多疤痕組織，形成慢性感染性管道。行走在內外括約肌附近，外口皮膚生長較快，常有假性愈性，引起反復發作。管道的感染多數為膿性感染，少數為結核性。
1、肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇則是繼發感染的門戶，反復感染，形成瘺道。
2、瘺道多在肛門括約肌之間通過，由于括約肌經常不斷地收縮與舒張，壓迫瘺道，影響膿液的排除，容易貯膿感染而難以愈合。
3、直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘺道，刺激腔壁，繼發感染后由外口排出，也是造成瘺道的原因。
4、肛門直腸周圍膿腫破潰后，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，因而不能自然閉合。
5、瘺道彎曲、或有竇、分支，引流不通暢，膿液潴留，反復感染，造成瘺道不易愈合。
6、肛門靜脈回流不暢，局部經常淤血，組織營養不良，影響愈合。
7、結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘺。