肝癌在治療過程中及術后常會出現一些并發癥，并發癥可由肝癌本身或并存的肝硬化引起，常見于病程晚期。臨床研究發現幾乎有80%的肝癌患者死于并發癥，因此肝癌患者在治療期間不可忽視。
肝癌常出現的并發癥如下：
1、上消化道出血：出血約占肝癌死亡原因的15%。肝癌常因有肝硬化基礎或有門靜脈、肝靜脈瘤栓而發生門靜脈高壓、食管胃底靜脈曲張或小靜脈淤血等一列改變，一旦血管破裂，則發生嘔血和黑便。晚期患者可因胃腸道粘膜糜爛合并凝血功能障礙而有廣泛出血。
2、肝性腦病：通常是肝癌終未期的并發癥，約1/3的患者因此而死亡。
3、巨大癌腫破裂出血及癌性胸腹水：約10%的患者因癌結節破裂致死。腫瘤增大、壞死或液化時可自發破裂，或因外力面破裂。破裂可限于肝包膜下，產生局部疼痛;如包膜下出血迅速增多則形成壓痛性塊物;也可破入腹腔引起急性腹痛和腹膜刺激征。大量出血導致休克和死亡。小破口出血則表現為血性腹水。
4、繼發感染：本病患者在長期消耗或因放射、化學治療而致白細胞減少的情況下，抵抗力減弱，再加上長期臥床等因素，容易并發各種感染如腦炎、敗血癥、腸道感染等。