治療原則
非淋菌性尿道炎確診后，采用廣譜抗生素療法，并且強調要連續不間斷用藥，要規則、定量、徹底治療。治療后10-20天復查再次均為陰性，并用臨床癥狀消失為治愈。本病治療時所需的療程較長。
1、目前對四環素、強力霉素、紅霉素已有不少菌株產生耐藥。新一代合成抗菌藥喹諾酮類，不但對衣原體、支原體有效，對淋球菌也高度敏感。
(1)氟哌酸200mg,3/d 共用14d。
(2)氟嗪酸200mg,2/d共用14d.
(3)環丙氟哌酸250mg,2/d，共用14d。
2、磺胺、利福平對衣原體有效，對支原體無效。
3、慶大霉素、新霉素、多粘菌素對衣原體無效。
4、鏈霉素、壯觀霉素對衣原體無效，對支原體有效。
5、四環素0.5g，4/d，共用7d，改0.25g,4/d,共用14d。
6、強力霉素0.1g,2/d，共用7d。
7、紅霉素硬脂酸鹽0.5g，4/d，共有7d。
8、紅霉素琥珀酸乙酯0.8g，4/d，共用7d。
9、美滿霉素0.2g即刻，0.1g，2/d，共用14d。
預后
1、臨床癥狀消失1周以上，尿道無分泌物，或分泌物中白紅胞≤4個/100倍顯微鏡。
2、尿液澄清，沉渣鏡檢陰性。
3、尿道(宮頸)標本衣原體、支原體檢查陰性(有條件時)。