肝癌是一種惡性腫瘤，該病的發病原因至今尚未確定。經研究發現，其病因很可能與多種因素的綜合作用有關，在世界任何地區都可發現，任何原因導致的慢性肝病都可能在肝癌發生和發展過程中起著重要的作用。
肝癌形成的原因如下：
1、真菌及其毒素：黃曲霉菌、青霉菌、雜色曲霉菌等都可引起實驗性肝癌。其中以黃曲霉菌(aspergillusflavus)最為重要。用該菌或其毒素(aflatoxin)，或被其污染的食物均可誘發動物肝癌。在肝癌高發區，食物被黃曲霉菌污染的情況往往也較嚴重。
2、亞硝胺類化合物：從肝癌高發區南非居民的食物中已分離出二甲基亞硝胺。此類化合物也可引起其它處腫瘤如食管癌。
3、病毒感染：晚近資料表明，發展中國家肝癌患者的HBsAg陽性率大于50%，而發達國家肝癌患者的抗─HCV陽性率大多高于50%，因此推測HBV感染可能是發展中國家的主要病因，而丙型肝炎病毒則是發達國家肝癌的主要病因。
4、化學致癌物質：黃曲霉毒素B1是超劇毒物質，其致癌性比奶油大900倍，可誘發所有動物發生肝癌。其它如氯乙烯、二氧化釷、二乙基亞硝胺等均有一定的致癌性。
5、酒精中毒：酒精中毒可致酒精性脂肪肝、酒精性肝炎、酒精性肝硬化。在酒精性肝炎或肝硬變時，枯否氏細胞減少，可增加肝細胞癌變的發生。
6、飲水污染：研究表明，肝癌發生與飲水污染有密切的關系，現已發現有百余種有機物為致癌、促癌和致突變物。如六氯苯、苯并芘、多氯聯苯、氯仿、二溴乙烷、二氯乙烯、氯乙烯、苯并熒蒽、四氯甲烷、茚并芘等。另外，遺傳在原發性肝癌的發生中也具有一定的作用。