非淋茵性尿道炎是指由淋菌以外的其它病原體，主要是沙眼衣原體、尿素分解支原體所引起的尿道炎。沙眼衣原體感染的發病機制仍不明。衣原體感染的疾病過程和臨床表現，可能就是衣原體復制的組織損害和衣原體激起的炎癥反應以及宿主細胞破壞的壞死物質等產生的綜合影響。衣原體感染引起大量免疫反應，有證據表明，衣原體病部分是過敏反應所致，或者就是免疫病理性疾病。
大多數衣原體感染都只是受累部位數量相對較少的部分細胞受到感染。由于每個包涵體每次都釋出大量活原體，而附近感染的細胞卻相對較少，因此肯定有限制傳染性的控制機制。此機制仍未盡悉，但T細胞功能似甚重要。已發現淋巴因子對衣原體有抑制作用。沙眼衣原體對α、β、γ干擾素都敏感，γ干擾素似更重要。γ干擾素似能延長發育周期，使網體存在較長時間。
γ干擾素的明顯作用，可能是對感染的控制而非對新感染的保護。因此可能與感染的清除有關。中和抗體也有可能起到作用，但中和抗體的作用機制亦待澄清。抗體能中和細胞培養中衣原體傳染性。抗體能抑制衣原體對非專業吞噬細胞表面的附著，或使之不能抑制吞噬溶酶體融合，或防止原體和網體通過交聯表面蛋白而發生的形態學轉變。