90%以上腸結核由人型結核桿菌引起，此外，飲用未經嚴格消毒的乳制品可因牛型結核桿菌而致病，腸結核感染可經口、血行播散和鄰近器官結核的波及所致。
結核病的發病是人體和結核菌相互作用的結果，經上述途徑獲得感染僅是致病的條件，只有當入侵的結核菌數量較多，毒力較大，并有人體免疫功能異常、腸功能紊亂引起局部抵抗力削弱時，才會發病。
1.腸源性
MTB主要經口傳染而侵入腸道，患者常為開放性肺結核，由于吞咽了自身含有MTB的痰液而致病。
或者經常與開放性肺結核病人共餐，缺乏必要的消毒隔離措施從而致病。少數情況下飲用未經消毒的含有MTB的牛奶或乳制品也可引起原發性腸結核。
MTB進入腸道后多在回盲部引起病變，這是因為。
①正常生理情況下腸內容物通過回盲部括約肌之前滯留于回腸末端時間較長，此外，結腸近端常有反蠕動，使腸道內容物在盲腸停留時間更久。
這樣MTB與腸道黏膜接觸機會多，增加了腸黏膜的感染機會。
②回肓部有豐富的淋巴組織，而MTB容易侵犯淋巴組織。
2.血源性
粟粒型結核時，MTB可經血行播散而引起腸結核。
3.直接蔓延
腹腔內結核病灶，如女性生殖器官結核和腎結核直接蔓延可引起腸結核。
然而上述途徑獲得感染僅僅是致病條件。只有當入侵的MTB數量多，毒力強，而人體免疫功能降低、腸道功能紊亂、局部抵抗力降低時才會發病。