90%以上腸結核由人型結核桿菌引起。少數地區有因飲用未經消毒的帶菌牛奶或乳制品而發生牛型結核分枝桿菌腸結核。
患者多有開放性肺結核或喉結核，因經常吞下含結核分枝桿菌的痰液，可引起本病。經常和開放性肺結核患者共餐，忽視餐具消毒隔離，也可被感染。
腸結核也可因全身其他部位結核經血行播散或腹腔內結核病灶直接蔓延引起。
病變以回盲部多見，這主要是因為結核桿菌容易侵犯淋巴組織，而回盲部具有非常豐富的淋巴組織;同時腸腔內容物在回盲部停留較久，使結核分枝桿菌與腸黏膜接觸時間較長。
增加了腸黏膜感染機會。其他部位依次為升結腸、空腸、橫結腸、降結腸、闌尾、十二指腸和乙狀結腸等處，少數見于直腸。偶見胃結核、食管結核。
結核桿菌侵犯腸道的主要途徑有
1、胃腸道感染
為腸結核的主要感染方式，患者原有開放性肺結核，因經常吞咽含有結核菌的自身痰液而繼發感染;或經常與肺結核患者密切接觸。又忽視消毒隔離措施可引起原發性腸結核。
結核桿菌被食入后，因其具有含脂外膜，多數不被胃酸殺滅。
病菌到達腸道(特別是在回盲部)時，含有結核桿菌的食物已成食糜，有較大機會直接接觸腸粘膜，同時因回盲部存在著生理性潴留及逆蠕動，更增加感染機會。
加之回盲部有豐富的淋巴組織，對結核的易感性強，因此，回盲部即成為腸結核的好發部位。
2、血行播散
血行播散也是腸結核的感染途徑之一。見于粟粒型結核徑血行播散而侵犯腸道。
3、鄰近結核病灶播散
腸結核還可由腹腔內結核病灶直接蔓延而引起，如輸卵管結核、結核性腹膜炎、腸系膜淋巴結核等。此種感染系通過淋巴管播散。
結核病和其它許多疾病一樣，是人體和細菌(或其它致病因素)相互作用的結果。
只有當入侵的結核桿菌數量較多、毒力較強，并有機體免疫功能異常(包括腸道功能紊亂引起的局部抵抗力削弱)時，方能致病。