1、局部治療
口腔潰瘍可局部涂含腎上腺皮質激素糊膏，假性毛囊炎和生殖器局部潰瘍，局部涂抗生素軟膏，眼炎急性發作時用散瞳劑及0.25%～1%可的松滴眼，炎癥嚴重時，球結膜下注射地塞米松5mg1～2次，可減輕炎癥滲透出，一般不主張用抗菌素。除非結膜和鞏膜受累，此時用抗生素控制感染是必要的。
2、全身藥物治療
⑴白細胞功能抑制劑
代表藥物為秋水仙堿，具有抗中性粒細胞趨化作用，也有一定的免疫調節作用。對關節炎，口腔潰瘍及眼色素膜炎有效，常用劑量為0.5mg，一日二次。
⑵腎上腺皮質激素類
控制急性癥狀有效，但減量或停藥后易復發，常用于重癥患者，往往需要與免疫抑制劑或秋水仙堿聯合用藥。一般口服強的松 30～60mg/日。對于嚴重眼炎，中樞神經系統病變及嚴重血管炎患者可用甲基強的松龍1g/日，三天靜脈沖擊。同時酌情加用免疫抑制劑治療。
⑶免疫抑制劑
主要用于眼炎，嚴重血管炎及主要臟器受累者。如環磷酰胺口服，每日2～3mg/kg或每月1g靜脈滴注沖擊。環孢素A，一般劑量每日3～5mg/kg。此外，還有苯丁酸氨芥、甲氨喋呤、雷公藤等。
⑷非甾體類抗炎藥
有抗炎、鎮痛及退熱作用，對發熱、關節炎、結節紅斑有較好的療效。
⑸抗凝劑
對有血栓形成或大、中動靜脈血管炎者，可予阿斯匹林、雙嘧達莫等抗凝劑或予尿激酶、鏈激酶等溶栓治療。
⑹其他
如果患者有結核病或有結核病史，上述治療效果不滿意，可給于抗結核治療，三聯藥物治療至少觀察半年。
3、手術治療
腸道白塞病并發腸穿孔，腸瘺時需外科手術治療，由于潰瘍跳躍分布，手術切除可能不完全，術后有復發可能，還應繼續加強內科治療。平安醫院自制特色中藥、激光療法等效果明顯!