生殖器皰疹通過性交傳染。性交時生殖器皮膚薪膜之間的摩擦造成輕微的損傷就可使單純疤疹病毒有可之機，侵入到人體。
從病毒進入機體到發病之間的潛伏期一般為1周，但也可長至3周。發病的部位在男性多見于陰莖、龜頭及包皮，女性多見于外陰、陰道及宮頸。在男男同性戀者，疤疹多見于肛門周圍。
常見的表現為陰部出現一堆約3~4個至5~6個小水疤，基底有些潮紅。幾天后水疤破潰成為小的糜爛面或淺的潰瘍，自覺疼痛不適，不治療也可很快愈合，不留癱痕。
若疤疹發生在尿道口，那么水疙糜爛可使患者感到小便時疼痛，小便次數增多，尿道口有分泌物。若發生在陰道、宮頸，陰道分泌物會增多。在水皰的皰液及糜爛面的分泌物中含有疤疹病毒，此時發生性行為有很強的傳染性。
有少數患者，以前從未發生過單純疤疹病毒感染，即首次發生生殖器疤疹，醫學上稱為原發感染，癥狀較為明顯。患者可感到全身不適，如發熱、頭痛、肌肉酸痛等。外陰部出現成群的水疙，破潰后發生糜爛、潰瘍.炎癥較為明顯，紅腫，自覺疼痛，大腿根部的腹股溝淋巴結亦可腫大，壓之疼痛。