泌尿感染的原因為病原體通常經兩個途徑之一侵入尿路。迄今為止，最常見的途徑為經尿路下端--男性的陰莖端開口或女性外陰的尿道開口，結果是經尿道向上擴散的上行性感染;另一可能的途徑是經血源性途徑直接感染腎臟。細菌、病毒、真菌或很多寄生蟲均可引起尿路感染。
細菌
下尿路--膀胱和尿道--的細菌感染十分常見。新生兒男性比女性常見，但是1歲時，女孩為男孩的10倍;約5%左右的青春期女性，在某個時期發生過尿路感染，但是青春期男性卻罕見;20～50歲的人群中，尿路感染女性約為男性的50倍;50歲以上的人群，兩性尿路感染均較常見，較少有性別差異。
85%以上的尿路感染，細菌來自病人自身的腸道或陰道。然而，一般情況下，侵入尿路的細菌由膀胱排空時的沖洗活動被沖刷出體外。
病毒
2型單純皰疹病毒(HSV-2)感染可波及男性的陰莖，也可波及女性的外陰、會陰、臀部、子宮頸或陰道。若尿道受到感染，可排尿疼痛和膀胱排空困難。這是尿路感染的原因之一。