有肝臟炎癥壞死明顯活動的患者，如果不給予及時治療，有可能很快進展到肝硬化甚至發生肝功能失代償。2010 年AASLD指南推薦的免疫抑制劑治療指征包括：血清AST 或ALT > 10倍正常上限，或AST 或ALT >5 倍正常上限且γ 球蛋白至少> 2 倍正常上限，和(或)組織學表現為橋接樣壞死或多小葉壞死。由于無臨床癥狀、實驗室和組織學輕度異常的患者其肝臟病變進展緩慢，是否需要給予免疫抑制劑治療目前尚無定論，建議根據患者具體情況權衡治療風險后制定治療方案;即使暫不給予治療，也需密切隨訪(3~6 個月1 次)。
大多數AIH 患者對免疫抑制劑應答良好。長期應用糖皮質激素所引發的不良反應是影響療效的重要因素。近期一項前瞻性、隨機、雙盲、多中心臨床試驗表明，與潑尼松相比，新型糖皮質激素布地奈德具有更好的治療效果，而且糖皮質激素相關不良反應發生率更低，有望成為更加安全有效的藥物。
對于應用標準療法應答不佳或治療失敗的患者，首先需重新考慮AIH 的診斷是否正確，同時需對治療依從性進行評估。如除外上述問題，則應先嘗試大劑量潑尼松(60 mg/d)或潑尼松(30mg/d)聯合硫唑嘌呤(150mg/d)治療方案，但須密切監測患者對藥物的耐受性。如治療效果仍不理想，則需考慮換用其他藥物,如環孢素A、他克莫司、嗎替麥考酚酯等(2 g/d)。然而上述藥物的治療經驗多來自個案報道或小樣本研究，需等待大規模隨機對照試驗的結果加以驗證。