肛瘺的主要表現是肛門周圍的外瘺口會有少量膿性分泌物排出。刺激周圍的皮膚，引起瘙癢等不適。

　　當外口堵塞或假性愈合時，瘺管內膿液不能排出而形成膿腫，表現出直腸肛管周同膿腫的癥狀，這種引流不暢形成的膿腫往往反復發作，是肛瘺臨床表現中的主要癥狀。

　　1、流膿

　　膿液多少與瘺管長短，多少有關，新生瘺管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性愈合，瘺管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以后封閉的瘺口破潰，癥狀方始消失。由于引流不暢，膿腫反復發作，也可潰破出現多個外口。較大較高位的肛瘺，常有糞便或氣體從外口排出。檢查時外口常為一乳頭狀突起或是肉芽組織的隆起，擠壓有少量膿液排出，多為單一外口，在肛門附近。也有多個外口，外口之間皮下瘺管相通，皮膚發硬并萎縮。也有多個外口位于兩側，瘺管成“馬蹄形”，直腸指診在病變區可觸及硬結或條索狀物，有觸痛，隨索狀物向上探索，有時可捫及內口。若外口不整齊，不隆起，有潛行邊緣，肉芽灰白色或有干酪樣稀薄分泌物，應懷疑為結核性肛瘺。

　　瘺外口流出少量膿性、血性、粘液性分泌物為主要癥狀。較大的高位肛瘺，因瘺管位于括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。由于分泌物的刺激，使肛門部潮濕、瘙癢，有時形成濕疹。當外口愈合，瘺管中有膿腫形成時，可感到明顯疼痛，同時可伴有發熱、寒顫、乏力等全身感染癥狀，膿腫穿破或切開引流后.癥狀緩解。上述癥狀的反復發作是瘺管的臨床特點。

　　2、疼痛

　　瘺管通暢無炎癥時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘺管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘺時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。

　　3、瘙癢

　　由于膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮濕不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成濕疹。

　　4、排便不暢

　　復雜性肛瘺口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。

　　5、全身癥狀

　　在急性炎癥期和復雜性肛瘺反復發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗癥狀。

　　大部分肛瘺由直腸肛管周圍膿腫引起，因此內口多在齒狀線上肛竇處，膿腫自行破潰或切開引流處形成外口，位于肛周皮膚上。由于外口生長較快.膿腫常假性愈合，導致膿腫反復發作破潰或切開，形成多個瘺管和外口.使單純性肛瘺成為復雜性肛瘺。瘙管由致密纖維組織包繞，近管腔處為炎性肉芽組織，后期腔內可上皮化。 結核、潰瘍性結腸炎、克隆病等特異性炎癥、惡性腫瘤、肛管外傷感染也可引起肛瘺，但比較少見。