巧克力囊腫屬于子宮內膜異位癥的其中一種，給眾多女性患者帶來了很大的痛苦，約有30%至70%的患者伴有不孕癥，嚴重影響了女性正常的幸福生活，需要每個家庭的重視。由于巧克力囊腫到處粘連，四處流竄，治療之后又很容易復發，纏綿難愈。
可采用藥物或(和)手術治療(保守性或根治性)。迄今為止，除根治性手術外，尚無一種理想的根治方法。無論是藥物治療抑或保守性乎術均有相當高的復發率。因此，應根據患者年齡、癥狀、體征、病變范圍以及對生育要求等加以選擇，強調個體化治療。癥狀輕或無癥狀的輕微病變選用期待治療;有生育要求的輕度患者明確診斷后先行藥物治療，病情重者行保留生育功能手術;年輕無生育要求的重癥患者可行保留卵巢功能手術，并輔以藥物治療;癥狀及病變均嚴重的無生育要求患者可行根治性手術。
手術方式有開腹手術和經腹腔鏡手術兩種。腹腔鏡手術是本病最佳處理方法。目前認為以腹腔鏡確診、手術+藥物為內異癥治療的金標準。有條件的醫院，腹腔鏡手術應為內異癥的首選治療方法。但腹腔鏡手術的選擇及效果在很大程度取決于設備、器械和手術者的經驗及技巧。開腹手術可用于腹腔鏡條件不具備或非常復雜的手術，如嚴重粘連和有多次手術史者。
局部治療：主要用于痛經，不孕，盆腔結節與包塊
電灼治療：主要用于手術切除部分子宮內膜異位灶。
手術治療：保守性手術，清除或破壞病灶， 保留生育功能;
半保守性手術，控制疼痛，保留卵巢功能;
根治手術：作全子宮及雙側附件切除，并盡可能清除病。
巧克力囊腫穿刺后能懷孕嗎?
子宮內膜異位癥是不孕癥的主要原因之一，穿刺治療對卵巢、輸卵管無損傷，巧克力囊腫肯定對懷孕有障礙，超聲介入治療后對懷孕非常有幫助。但是，懷孕的因素多而復雜，如是巧克力囊腫單因素引起的不孕，治療后會很快懷孕，我們治療的病例中有相當一部分人很幸運。如治療后仍不懷孕，則要從男方精子、女方卵泡監測、輸卵管通暢、子宮內膜和肌層以及精神環境等多因素逐一排查。