抗病毒治療是慢性乙肝的根本治療方法。對于符合抗病毒治療的乙肝患者只有采用乙肝抗病毒治療藥物進行治療，才能實現疾病的康復。肝臟存在炎癥改變，符合慢性乙肝的病理學診斷標準，或通過肝穿刺證明是早期肝硬化，同時血清學檢測HBv標志物證明有病毒的復制，才可以給予抗病毒治療。
一、治療原則
1、HBv復制活躍，HBeAg陽性、HBv DNA陽性;
2、肝臟組織有炎癥改變。
二、藥物治療
1、干擾素(普通干擾素、長效干擾素)
這類藥物的優點是有固定療程、不產生病毒耐藥、HBeAg,HBsAg血清轉換率高且應答持久、具有調節免疫和抗病毒雙重功效;缺點：需皮下注射、價格較高、不良反應較多等(流感樣癥候群、骨髓抑制、精神異常等)有妊娠、精神病、酗酒、失代償期肝硬化、甲狀腺疾病等禁忌癥。
采用干擾素治療病情階段：病毒載量低于109、高ALT水平、HBeAg低滴度、女性、非母嬰傳播、病程短
2、核苷(酸)類似物
這類藥物的優點是：三性“有效性、易行性、安全性”，功能主要也是抗病毒，進步免疫及恢復肝功，但是也有療程不固定、易發生病毒耐藥、停藥后易復發等的缺點。
臨床研究顯示，核苷類似物耐藥患者改用干擾素治療可能是有效的治療方法。