乙肝抗病毒治療是一種較有主流的有效的乙肝治療方法，但乙肝患者對藥物的選擇和服用療程是很有講究的，單純的乙肝抗病毒治療藥物會產生一些弊端，在乙肝患者在初治選擇療法的時候還是需要謹慎，特別是要注意以下幾點。
1、單純的抗病毒藥物僅能抑制病毒復制，不能完全清除病毒，也就是說它能夠控制病情進展，但不能完全治愈乙肝。甚至有少數患者對某種藥物不敏感，需換用另一種。
2、療程長(核苷類似物至少為2年，甚至更長時間;干擾素為1年)，藥物需按時應用，切記不能自行隨意停藥。在治療過程中需定期在專科醫生處就診，復查相關指標。
3、同大多數病毒一樣，乙肝病毒也容易發生變異，有許多患者未用藥也發生了病毒變異(如前C區變異);同樣在抗病毒治療的過程中，也有可能出現病毒變異，極少數可引起病情突然加重。
4、任何藥物都具有一定的不良反應甚至出現一些意外情況。核苷(酸)類似物最常見的不良事件有乏力、呼吸道感染樣癥候群、頭痛、腹部不適和腹痛、惡心、嘔吐和腹瀉、皮疹等;最嚴重的不良事件有乳酸性中毒、腎功能損害、肌酸激酶(CK)升高等。干擾素的不良反應相對更多。應當在專科醫生處定期隨訪，防范嚴重不良事件的發生。