抗病毒治療是慢性乙肝治療的關鍵措施，目前抗病毒治療有兩大類藥物一類是干擾素，一類是核苷類似物。病毒徹底清除且永不復發是醫生和患者的共同心愿，但是當前的治療手段還遠遠不能實現這一目標。因此乙肝抗病毒治療過程中和治療結束后的復查是必要的。
一、干擾素治療過程中檢查
1、開始治療后的第1個月，應每1~2周檢查1次血常規，以后每月檢查1次，直至治療結束；
2、生化學指標，包括ALT、AST等，治療開始后每月1次，連續3次，以后隨病情改善可每3個月1次；
3、 病毒學標志，治療開始后每3個月檢測1次HBsAg、HBeAg、抗-HBe和HBV DNA；
4、其他：每3個月檢測1次甲狀腺功能、血糖和尿常規等指標;如治療前就已存在甲狀腺功能異常或已患糖尿病者，應先用藥物控制甲狀腺功能異常或糖尿病，然后再開始干擾素治療，同時應每月檢查甲狀腺功能和血糖水平。
5、 應定期評估精神狀態，對出現明顯抑郁癥和有自殺傾向的患者，應立即停藥并密切監護。
二、核苷(酸)類似物治療過程中檢查
1、生化學指標即肝功能，治療開始后每月1次、連續3次，以后隨病情改善可每3個月1次；
2、病毒學標志，主要包括HBV DNA和HBeAg、抗-HBe，一般治療開始后1-3個月檢測1次，以后每3-6個月檢測1次；
3、根據病情或使用抗病毒藥物的不同，定期檢測血常規、血清肌酐和肌酸激酶等指標。
三、治療結束后隨訪
治療結束后，不論有無治療應答，停藥后半年內至少每2個月檢測1次ALT、AST、血清膽紅素 (必要時)、乙肝兩對半和HBV DNA，以后每3~6個月檢測1次，至少隨訪12個月。隨訪中如有病情變化，應縮短隨訪間隔。