近年來，小兒腫瘤外科醫師對預防性的淋巴結清掃多持謹慎態度，對睪丸和卵巢惡性腫瘤原則上不作預防性淋巴結清掃，只有在術后腫瘤生化指標持續不降或CT、B超提示有淋巴結腫大時才進行二期淋巴結清掃。
(1)淋巴結清掃的原則和爭議
臨床已有明確轉移的淋巴結，除了惡性淋巴瘤因屬血液系統疾病并對化療敏感外，一般均要進行淋巴結清掃。根治性腫瘤手術對區域淋巴結連同原發腫瘤一并切除。
某些原發腫瘤與轉移淋巴結相隔較遠時，可以一期手術，多個切口將淋巴結與原發腫瘤一起切除;也可以分段手術，在原發腫瘤切除后2～6周再作二期淋巴結清掃。
(2)重建和康復手術
小兒腫瘤的外科手術還應包括腫瘤一期手術后某些功能重建和美容康復的手術。此類手術通常是在原發腫瘤切除，無瘤生存2年以上的時候進行，如肛門直腸腫瘤或膀胱陰道腫瘤術后的肛門成形或泌尿生殖道重建手術;肢體或骨腫瘤術后的肢體功能重建或長骨移植重建的手術等等。
(3)轉移性腫瘤的手術治療
小兒腫瘤的轉移灶的手術治療已日益受到重視。但小兒腫瘤轉移灶的手術指征完全取決于原發腫瘤的療效。原則上，轉移腫瘤的手術治療多應用于原發腫瘤手術切除、控制滿意，轉移灶呈單個并有切除可能者。
(4)原發腫瘤的徹底切除
腫瘤多是自局部向周圍組織浸潤擴散，腫瘤的手術治療原則是切除原發腫瘤及其累及的周圍組織。如果腫瘤在某一器官或組織，而該器官的切除不會影響患兒的生命，則應將該器官切除，象腎母細胞瘤的腎切除、卵巢或睪丸腫瘤的單側卵巢或睪丸切除等等。