腦膜炎治療方式多是住院接受內科治療為主,以下依照常見的腦膜炎種類采取的治療方式進一步說明：
1、細菌性腦膜炎
醫師一般會使用抗生素藥物來治療(靜脈滴注、口服);醫師會依據腦脊髓液培養出來的細菌種類不同而給予不同的針對該類細菌的抗生素來殺菌，如果初步還無法分辨細菌確實的種類時,通常會給予廣效性的抗生素治療。
除了適當的抗生素藥物使用外，醫師還會依病人情況給予降低腦壓的藥劑和減低發炎反應的藥物，同時也會針對發燒的癥狀給予藥物加以控制。
2、病毒性腦膜炎
一般病毒性腦膜炎發炎反應和癥狀都較輕微,治療的方式主要是針對癥狀去做減緩和控制，例如降低腦壓的藥劑、退燒藥、減低發炎反應的藥物等，讓病人的癥狀減輕,通常在幾天到一個星期左右癥狀就會消失,較少留下后遺癥。