良性骨腫瘤或瘤樣病變以手術刮除或切除為主。手術力求徹底，以免復發，但應盡量保留肢體功能。對于惡性腫瘤則應以搶救生命為主，只有在不降低生存率的前提下，才可考慮保留肢體的問題。目前常用的手術方法有刮除術、切除術、截除術、截肢術。
刮除術是將包含腫瘤的骨壁切開，將其中的腫瘤組織刮除干凈。本手術適用于良性骨腫瘤，如內生軟骨瘤、骨囊腫、骨嗜伊紅肉芽腫和部分骨巨細胞瘤。腫瘤刮除后所遺留的空腔需要充填，常用的骨科填充材料有骨水泥、自體骨、異體骨、人工骨等。填充后為防止骨折，需要用鋼板、髓內針等內固定。
切除術是將向骨外突出生長的腫瘤自其基底部切除的手術，主要適用于骨軟骨瘤。
截除術是將腫瘤所在的一段骨干乃至關節整段切除。適用于破壞范圍較大的骨巨細胞瘤和惡性的腫瘤如骨肉瘤、纖維肉瘤、軟骨肉瘤等。骨干截除后所遺留的缺損有的不需修補如腓骨近端和尺骨遠端，大多數則需要用人工假體、異體骨或自體骨進行重建。
惡性腫瘤行保肢術復發率較高，從而影響生命，或者所保留的肢體功能差，比不上假肢時可以選擇截肢。