生殖器皰疹有自限性，約1-2周即可自愈。治療的目的是防止下次復發。本病目前尚無特效藥物，治療原則為縮短病程，防止繼發感染，減少復發。
1.局部療法：原則為干燥、收斂、保護患部，防止繼發感染?？赏馔?%龍膽紫溶液，或選用10%次沒食子酸鉍(代馬妥dermatol)、氧化鋅油膏或泥膏、紫草生地榆油膏、0.5%新霉素軟膏、或0.25%~0.1%皰疹凈(IDU)軟膏、5%皰疹凈二甲基亞砜溶液(用于皮膚皰疹)等。對顏面部者亦可用10%醋酸鋁或鋅銅合劑。
2.全身治療：治療原則其一使感染的HSV不能活化，甚至消滅病毒;其二調節免疫，防止再發，可用阿昔洛韋靜滴或口服，麗珠威口服，干擾素肌注，白細胞介素Ⅱ肌注。我們在治療復發性生殖器皰疹時，使用四醫大生物技術中心產的干擾素300萬單位肌注，每日一次，10次為一療程，共三個療程，適當配合使用白細胞介素Ⅱ或利百多或靈桿菌素，95%的病人不復發。