據文獻統計，腦血管疾病后的一系列變化，使腦血管病的精神障礙發病率增加，全國12個地區精神疾病流行病統計調查結果顯示，腦血管病伴精神障礙的總發病率為50%，城市為73%，農村為26%。目前，關于腦卒中后精神障礙的發生機制尚不十分明確，與多方面因素有關。
1、腦卒中的部位和范圍：
腦供血、供氧相對不足，代謝極為活躍的額葉、海馬等，與智力、情緒、記憶有關，如上述組織出現腦卒中，會產生相應精神障礙。現代醫學研究表明：基底核區、額葉、顳葉、頂葉部位的卒中與癡呆發生有關;顳葉、額葉卒中會出現人格障礙;邊緣葉與情感障礙有關。
2、應急事件：
由于軀體受到殘廢的挫折，會使患者心理受到極大的打擊，產生抑郁、躁狂等精神障礙。
3、腦卒中后局部腦組織供血不足：
缺血性腦卒中局部腦組織血液循環出現嚴重障礙，腦組織缺血、缺氧，繼而出現腦組織變性壞死，局部或者彌漫性腦萎縮造成腦細胞嚴重的營養障礙，從而出現神經功能失調而出現各種精神癥狀。出血性腦卒中，由于血腫形成，壓迫腦組織及供血動脈，引起腦組織、神經細胞水腫，變性、壞死等，從而造成神經細胞機能失調，產生精神障礙。
4、神經遞質改變：
有人認為可能是腦血管病變，損害去甲腎上腺素能神經元和5-羥色胺能神經元及其通路，使這兩種神經遞質合成低下，因為去甲腎上腺素 (NE)和5-羥色胺(5-HT)能神經元的胞體位于腦干，其軸突通過丘腦及基底節廣泛分布于額葉皮質，故上述部位腦損害可影響該區域NE和5-HT能神經通路，使NE和5-HT等神經遞質合成減少而導致抑郁等精神障礙。
特定腦區神經元損傷和丟失是抑郁行為的主要病理學基礎。利用正電子發射計算機斷層顯像PET對腦卒中后精神障礙患者的腦代謝研究表明，右大腦半球卒中者 5-HT受體代償期代謝增高，而左大腦半球損害后無此變化，支持左大腦半球損害，特別是額部及基底節受累時更易發生精神障礙的觀點。