抗感染的療程應根據臨床表現與實驗室檢查的變化而定，一般推薦為3周。至于選擇性腸道去污染處理，有研究顯示預防性服用腸道不吸收的慶大霉素、新霉素
能降低感染發病率。而目前以喹諾酮類用于預防更為常見，幾項臨床研究提示短期服用喹諾酮類均能降低感染發病率而不增加臨床耐藥性的發生，且對腸道的正常菌群亦無破壞，但確切的療效與耐藥性的發生情況仍有待進一步的臨床與實驗研究。
至于急性肝功能衰竭患者的細菌感染，具有感染部位廣的特點，主要病原菌為葡萄球菌屬、鏈球菌屬以及革蘭陰性菌合并真菌感染亦較為常見，因此推薦預防性使用抗生素。預防性使用抗生素以第3代頭孢素為主。一旦出現感染，則傾向于聯片用藥，兼顧革蘭陰性與陽性菌以及厭氧菌的感染，出現真菌感染時亦需要及時進行抗真菌治療。
總之.盡管抗生素研制不斷獲得進展.對大多數肝病的細菌感染取得了較好的療效，但總體的預后還仍取決于肝病本身是否得到較全面、積極的治療。同時在抗生素運用上要高度重視抗生素的毒性反應與副作用。禁用或慎用有肝腎毒性的抗生素，慎用影響凝血功能的抗生素，出現神經疾狀時慎用有神經系統副反應的抗生素，應做到既有效抗菌又兼顧用藥的安全性。