自然流產后是否干凈可以通過觀察陰道出血情況、B超檢查、血β-HCG檢查及身體癥狀來確定。

1.觀察陰道出血情況：自然流產后，通常會有陰道出血，出血量一般會逐漸減少，顏色由鮮紅色逐漸變為暗紅色，最后變為褐色或白色。如果出血量持續增多或顏色鮮紅，可能提示有殘留組織。

2.進行B超檢查：B超檢查是確定自然流產是否干凈的最常用方法。通過B超可以觀察子宮內是否有殘留組織、孕囊是否完整等。

3.檢查血β-HCG：血β-HCG是判斷自然流產是否干凈的重要指標。一般來說，自然流產后血β-HCG會逐漸下降，如果血β-HCG持續不降或下降后又升高，可能提示有殘留組織。

4.注意觀察身體癥狀：自然流產后，如果出現發熱、腹痛、陰道分泌物異味等癥狀，可能提示有感染，需要及時就醫。

需要注意的是，自然流產后需要注意休息，避免勞累和劇烈運動，同時要注意個人衛生，保持外陰清潔。如果自然流產后出現異常情況，應及時就醫，以便及時處理。