舌根兩側有疙瘩可能由以下情況導致：

一、淋巴濾泡：淋巴濾泡如同淋巴結一樣屬于人體的正常結構。其中，咽部的淋巴組織即淋巴濾泡，其位置在咽后壁，這就使得有些人會感覺到舌根兩側存在疙瘩。

二、智齒發炎：也被稱作智齒冠周炎，是指第三磨牙牙冠周圍的軟組織出現炎癥。主要的癥狀表現為牙冠周圍軟組織有腫脹疼痛現象，從而導致有些人會察覺到舌根兩側有疙瘩。

三、咽炎：是發生在咽黏膜、黏膜下組織的一種炎癥。患者會出現咽部疼痛、咽部干燥感、咽部灼熱感、異物感等癥狀。

舌根兩側有疙瘩還可能存在其他原因。建議一旦發現這種情況，應及時前往醫院就診，完善相關檢查以明確病因，進而給予具有針對性的處理或治療。

總結：舌根兩側有疙瘩的原因較多，主要包括淋巴濾泡、智齒發炎、咽炎等，還可能有其他因素，應及時就醫檢查和處理。