停經40天B超看不到孕囊可能存在多種情況，需進一步檢查明確，常見的有月經周期長、宮外孕、生化妊娠等。具體如下：

一、月經周期長：

1.由排卵期錯后導致懷孕時間短，從而在懷孕40天時不能看到孕囊。如果沒有出血腹痛癥狀，可以在一周后復查B超，通常能看到孕囊。

2.對于平時月經周期不規律的情況，還可結合HCG值來確定是否正常懷孕以及下次B超檢查的時間以明確孕囊情況。

二、宮外孕：

1.若平時月經周期規律，但有婦科炎癥或流產史，懷孕40天B超看不到孕囊時應進一步做抽血檢查。

2.查看HCG是否翻倍正常，若翻倍不明顯，然而數值呈增長趨勢，則宮外孕的可能性較大，可能需要手術終止妊娠。

三、生化妊娠：

1.生化妊娠患者的HCG值通常較低，且會伴有斷斷續續陰道出血癥狀。

2.B超檢查宮內、宮外均未見到孕囊或包塊，在出血結束后抽血檢查HCG值恢復正常，則可考慮為生化妊娠，一般無需特殊處理。

總之，停經40天B超看不到孕囊要根據具體情況進行分析和處理，以明確原因并采取合適的應對措施。