懷孕40天可選擇藥物流產或人工流產。具體如下：

一、藥物流產：

1.是通過使用藥物來終止早期妊娠，一般適用于懷孕49天以內且超聲下未見胎芽、胎心的女性。

(1)常用流產藥物有米非司酮片和米索前列醇片等，必須要在醫生監督下使用。

(2)可能出現陰道出血時間長、感染機會增加的情況，不建議有進一步生育要求的患者采用，也不適用于40歲以上患者。

二、人工流產：

1.指妊娠3個月內通過人工使用工具終止妊娠，懷孕40天進行人工流產效果也較好。

(1)常用人工流產方式包括負壓吸引術、鉗刮術等。

(2)人工流產術存在子宮內膜受損傷的可能，可能繼發不孕，對于沒有生育過的患者要注意月經恢復情況，以便及時發現問題并及時用藥恢復子宮內膜功能，降低不孕風險。

總之，懷孕40天在選擇流產方式時，需要綜合多方面因素考慮，并且要嚴格遵循醫生的建議和指導，以確保流產過程的安全以及盡量減少對身體的不良影響。