心包囊腫的發病原因目前并不明確，推測為胚胎期形成心包腔時發育異常所致，也可能與兩對腹脊和背脊發育異常有關。

一、心包囊腫是一種先天性疾病，發生在心包部位。關于其確切發病原因，通常認為是先天性發育異常。在胚胎發育期形成心包腔時，如果胚胎的頭端和兩側中胚層側板間隙未能完全融合且持續存在，就會形成單獨的囊腔，出生后便發展為心包囊腫。這種囊腫一般附著于心包外壁，并通過囊蒂與心包腔相通，形成心包憩室。

二、部分觀點還認為心包囊腫與兩對腹脊和背脊相關。背脊在發育過程中形成心包腹膜腔，腹脊在發育時其盲端會有不同程度的閉合，從而產生心包囊腫。

心包囊腫可在任何年齡階段發生，尤其多見于青壯年，男性發病率相對較高。一般情況下，它通常不會引發明顯臨床癥狀，多是在進行心臟檢查時偶然被發現，其發病率較低且無惡變傾向。

總之，心包囊腫的發病原因雖有一些推測，但還不是完全確定，其在臨床上有一定特點。