懷孕三個月出血的主要原因包括宮外孕、先兆流產以及宮頸息肉。

一、宮外孕：通常指的是異位妊娠，即孕卵在子宮腔外著床發育的異常妊娠過程，其中以輸卵管妊娠最為常見。其病因主要是由于輸卵管管腔或周圍存在炎癥，致使管腔通暢程度不佳，阻礙了孕卵的正常運行，使其在輸卵管內停留、著床并發育，進而可能導致輸卵管妊娠破裂。

二、先兆流產：流產的癥狀一般會有腹痛和陰道出血，如果確定是宮內孕，出現腹痛和陰道出血，就可診斷為先兆流產，此時需要到醫院進行B超檢查。在B超下，醫生會觀察宮內胎囊有無胎芽、有無胎心，如果有胎芽和胎心且與孕周相符，在出現腹痛、陰道出血這種情況時，需要給予保胎治療，比如口服黃體酮或地屈孕酮片進行保胎。

三、宮頸息肉：也會有少量流血情況出現，需要做相應檢查。

總之，懷孕3個月出現陰道流血是不正常的，必須要及時到醫院做B超檢查，以查明具體情況并進行針對性治療。