大拇指甲蓋凹陷的原因包括外傷、感染以及指甲根部的甲母質部位出現異常等。

一、外傷：大拇指若曾經遭受過外傷，當甲根受到創傷時，就會導致指甲發生變形，進而呈現出指甲蓋凹陷的情況。比如大拇指受到猛烈撞擊或擠壓等，都可能引起甲根受損，最終出現指甲蓋凹陷現象。

二、感染：

1.細菌感染：某些細菌感染可能引發指甲蓋凹陷，如甲溝炎等疾病。

2.真菌感染：像灰指甲這類真菌感染，也有很大可能會導致指甲蓋凹陷。

三、指甲根部的甲母質部位出現異常：

(1)末梢循環障礙：這會使得指甲部位的循環系統出現故障，從而導致指甲受損，引起大拇指凹陷癥狀。

(2)先天性外胚葉發育不良：這種情況會致使指甲部位的相關功能異常，進而造成指甲蓋凹陷。

總之，當出現大拇指甲蓋凹陷時，患者應積極去明確病因，并采取相應的治療措施，以防止病情進一步惡化。