懷孕3個月有咖啡色分泌物流出可能是以下原因：

1.先兆流產

2.宮頸息肉

3.異位妊娠

4.其他

對于孕婦來說，出現這種情況需要引起重視，應及時就醫，進行相關檢查，如超聲檢查、血β-HCG及孕酮檢測等，以明確原因，并采取相應的治療措施。

此外，在等待就醫的過程中，孕婦應注意休息，避免劇烈運動和性生活，保持外陰清潔，避免感染。如果出血量增多或出現腹痛等不適癥狀，應立即就醫。

同時，需要提醒的是，以上內容僅供參考，具體情況請以專業醫生的診斷為準。