肛瘺的主要癥狀有疼痛、瘙癢、排便不暢和全身癥狀，不能自愈，必須手術治療，手術方式應根據瘺管位置和肛門括約肌關系選擇。

疼痛

瘺管通暢無炎癥時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘺管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘺時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。

瘙癢

由于膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮濕不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成濕疹。

排便不暢

復雜性肛瘺口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。

全身癥狀

在急性炎癥期和復雜性肛瘺反復發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗癥狀。

肛瘺不能自愈，必須手術治療。治療原則是將瘺管切開，形成敞開的創面，促使愈合。手術方式很多，手術應根據內口位置的高低、瘺管與肛門括約肌的關系來選擇。