男性陰莖發育不良通常指陰莖先天性畸形，涵蓋陰莖短小、陰莖畸形、尿道下裂、包皮過長、包莖、隱匿性陰莖等，這一般屬于器質性疾病，部分患者還伴有第二性征發育不良。

一、首先要完善相關檢查以明確病因，在此準確診斷基礎上確定治療方案。

1.若為低促性腺性功能低下的男性，可按醫囑使用β-絨毛膜促性腺激素，其能促進睪丸發育以及雄激素產生，進而推動性器官和副性征發育、成熟等。

二、其次，針對影響功能的陰莖、尿道發育畸形，可依據不同情形實施生殖器整形手術，以最大程度恢復功能。

三、最后，對于陰莖短小且藥物治療無效的成年男性，可考慮進行陰莖延長術、陰莖再造術或陰莖假體置入術。針對一小部分患者，結合患者意愿，可施行性別轉換術，切除睪丸，制作人工陰道，采用雌激素替代治療，以促進女性第二性征發育。

總之，對于男性陰莖發育不良的情況，要根據具體表現和病因采取相應的治療措施，以改善患者的狀況。