先天性甲狀腺功能低下通常是因為胚胎期和出生前后甲狀腺軸的發生、發育及功能代謝出現異常，致使出生后甲狀腺功能減退，進而使腦和體格發育遭受嚴重損害，形成“呆小癥”。具體原因包括：一、胚胎期。孕婦在孕期的飲食中缺乏碘，這會讓胎兒在胚胎期就因碘缺乏而引發甲狀腺功能減退癥。二、出生前。母親服用了抗甲狀腺藥物，或者母親自身患有自身免疫性疾病，對寶寶的甲狀腺功能產生影響，導致甲狀腺功能低下。同時，寶寶甲狀腺發育不全、不發育或是異位，也會造成先天性甲狀腺功能低下。改善方法如下：1.藥物治療。采用左甲狀腺素鈉片進行對癥治療，需在專業醫生指導下用藥。2.食物治療。給予高蛋白、富含維生素、低鈉、低脂的飲食。

總之，先天性甲狀腺功能低下的原因主要涉及胚胎期和出生前的多種情況，改善方法主要有藥物和食物治療，要根據具體情況合理選擇和實施。