寶寶發燒39度是否蓋被子需依具體情況判斷。當寶寶發燒39度且手足涼時需蓋被子，若大量出汗則不必蓋被子。

一、寶寶發燒39度且手腳發冷要蓋被子，這是因為此時體溫處于上升期，寶寶會感覺寒冷，所以需適當保暖。

二、若寶寶在退熱過程中有大量出汗現象，就應適當減少被褥遮蓋。不能給寶寶蓋太厚被子，以免影響其排汗。出汗后要及時用毛巾擦拭，并更換濕衣服，同時保持室內溫度和濕度適宜，溫度不可過低。

寶寶發燒39度應在醫生指導下及時治療，可服用布洛芬顆粒、對乙酰氨基酚顆粒等退燒藥。治療過程中要注意讓寶寶多喝水，飲食清淡。若出汗嚴重導致衣服或被褥潮濕，應及時更換，以免繼發感冒使病情加重。

總之，寶寶發燒39度時蓋被子問題要視具體情況而定，同時要及時進行治療和恰當護理。