腦動脈栓塞的栓子多數可能來自心臟，但是不存在最可能來自這一說法。

心臟是形成栓子的重要部位。當心臟發生病變時，如心房顫動、心肌梗死、心臟瓣膜病等，容易在心臟內形成血栓。心房顫動時，心房失去有效的收縮，血液在心房內瘀滯，可形成附壁血栓，這些血栓一旦脫落，就可能隨血流進入腦動脈導致栓塞。

心肌梗死時，受損的心肌局部可能形成血栓，在某些情況下也可能脫落成為栓子。心臟瓣膜病會導致血流動力學改變，瓣膜上也可能形成贅生物，這些贅生物也有脫落造成栓塞的風險。

此外，其他部位的血栓也可能通過血液循環到達心臟，再由心臟進入腦動脈。比如，下肢深靜脈血栓形成后，栓子可能經下腔靜脈進入右心房、右心室，最終進入肺動脈或通過卵圓孔等異常通道進入腦動脈。