單側巧克力囊腫多數能自然懷孕，但懷孕前需進行相關檢查與準備工作。

一、若單純巧克力囊腫且另一側卵巢功能正常并能正常排卵，則有可能自然懷孕。此時需留意自己經期變化，根據月經周期檢測排卵情況。明確健側卵巢排卵后，盡快安排性生活開始備孕，可提高自然懷孕的可能性。

二、巧克力囊腫屬于子宮內膜異位癥的一種，病情發展易導致痛經且會影響正常卵巢功能。約百分之三十的女性會有不孕癥。所以有巧克力囊腫的女性若受孕困難，也可先安排手術切除囊腫，術后休息一段時間再備孕更安全。

三、對于單側巧克力囊腫的女性，可先嘗試懷孕。若能正常懷孕，在懷孕期間隨著停經，卵巢停止正常排卵后，囊腫可能會逐漸變小，病情可得到改善。

總之，單側巧克力囊腫女性有自然懷孕的可能，但要做好相關檢查與準備，根據具體情況選擇合適的備孕方式。